先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年(雍正三年)。

    清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。

    1659年(顺治十六年)吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。

    1664年(康熙三年)贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。

    1665年(康熙四年)云南新兴州(今云南省玉溪)土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。

    1723年(雍正元年)将云南丽江土府改流。

    1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。

    在广西，清朝于1663年(康熙二年)将镇安土府改置流官通判。

    1719年(熙五十八年)废思 明土司黄氏，改设流官。


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