到1731年(雍正九年)改土归流高潮结束，基本上完成了清政府予期改流任务，大部分土司地区皆改为流官统治，先后招抚讨平贵州苗瑶寨2000余，缴纳广西土司敕印和军器2000余件，云南澜沧江以东普遍设立流官知府，湖北、湖南大部分土司“纳土”，故史称“自四年至九年(雍正四年至九年)蛮悉改流，苗亦归化，间有叛逆，旋即平定”。

    最后就是改流的末期阶段，怎么说呢，清朝改土归流的末期阶段，是从1732年(雍正十年)经乾隆最后到清朝末年的宣统年间。

    这一阶段是在原改流的基础上，对尚未改流的土司继续不断的改流。

    在云南对澜沧江以西沿边土司不断改流。

    猛缅长官司于1746年(乾隆十一年)改设流官通判。

    猛猛土巡检于公元1764年(乾隆二十九年)改设流官归顺宁府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)后改流的土司最多。

    四川酉阳地区土司从1734年至1736年全部改流;石柱土司区于1760年(乾隆二十五年)改流。

    川西的改流一直延续到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川开始改流，直到19
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