发展纲要又提出，在治理整顿期间，高等教育的规模要稳定，高等教育要把重点放在优化结构、提高水平上

    虽然当时对高等教育的发展存在争议，不过高等教育的改革开始得到推进，其中影响最大的有两点，一个就是确定了高等教育收费改革，这项改革从八九年开始，到九四年扩大试点，九七年开始统一实行，高等教育学费改革以后，一定程度上减轻了国家对于高等教育发展的负担，为高校扩招奠定了基础。

    另外一件事就是部分高校开启了第一次大合并，当时高等教育基本格局是教育部一套，行业主管部门一套、地方一套，也就是教育部下面管理一部分高校，铁道部、邮电部、水利部、纺织部、电子部、石油部等等都各自管理一部分高校，各省、市又管理一部分高校。像行业部委下属的这些高校，刚开始的时候专业特色比较鲜明，但是在之前的高等教育规模扩大的过程中，又开设了许多其他专业。

    这就造成低水平重复建设；专业偏窄、科类单一，办学质量和效益差；高校规模偏小，而且小而全。因此，先是一些地方按优势互补的原则，对当地高校结构进行了调整，出现了由多所高校合并重组的地方大学，后来形成了“共建、调整、合作、合并”的高校调整改革思路
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