甲午中日战争爆发，清军水陆大败，台湾孤危，清『政府』把这支“异端”军队调赴危区。当年七月二十六日刘永福奉命渡台，他要求闽、粤总督准其回粤西、桂南招集旧部，重建黑旗军，却受到婉言拒绝。他沉痛地说：“当此之时，既无粮钠，何能招军？言至于此，不禁痛哭！此皆福平日有统军之名，无统军之实。”

    刘永福尽管困难重重，万分悲愤，但他为了保卫祖国领土的完整，救台心切，立即就地补足四营人，续招两营，于八月一日成军，九月二日在汕头乘轮东渡。

    台湾巡抚邵友濂、蕃司唐景崧忌惮刘永福，奏调黑旗军驻防台南穷荒之地，他们则坐踞台北富庶之区。1895年初，邵友廉设法调回湖南，唐景崧升台湾巡抚，刘永福建议合力守卫台北冲要之地，唐管政务，刘管军事，受到唐景崧拒绝。在籍工部主事丘逢甲是粤东嘉应州客家人，刘永福的先世亦是嘉应州客族。他们主张相同，加上同乡之谊，关系甚笃，丘极力斡旋，仍不能阻止唐、刘分军，台湾抗战因而种下祸根。

    1895年4月，李鸿章赴日本签订《马关条约》，割弃台湾。台湾人民誓死不肯脱离祖国，于五月二十五日成立台湾民主国，挽留唐景崧、刘永福主持杭战。唐景崧接大总统印
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