序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。

    不过在这种世界建立之前，Matrix和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。

    当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、Smith探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与bug们的互动，救世主自己最后会成为bug之王。

    随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到Matrix的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程
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