武之望与毛文龙的矛盾，就以武升调南京吏部右侍郎，毛继续任事而告终。
    明廷自以为这是既重封疆又存纪纲的良法，殊不知这客观上助长了毛文龙的跋扈之势，正如山东巡抚右佥都御史吕纯如所担心的那样“登镇者以节制海帅，非受海帅节制者也。若以同事睚眦，遽撤之去，则目前之纪纲倒置，而日后之钤束更难矣”。（《明熹宗实录》卷66）
    不受督抚节制，专擅跋扈，毛文龙的这个问题在天启年间是逐渐养成的。
    武之望去职后，弹劾毛文龙“此其跋扈之势与古安史何异”，这个说法存在个人恩怨的成分，其实毛文龙的军阀跋扈之势完全显现是崇祯初，此时尚不是非常严重。
    再谈毛文龙对军队的控制，主要指毛文龙在军队中培植亲信势力，力图将东江军打造成依附他个人的私人武装。
    东江镇的武将集团可分为四部分。一是航海来援的南兵军官，即所谓南官，这部分军官不多，俸银极微，据毛文龙称“乃海外南官七年以来，未微半年之俸”，天启七年二月南兵军官才得以按辽官例支给俸粮。
    二是投奔毛文龙的原任辽东都司卫所军官，数量不少，但是多无俸粮，据姜曰广、王梦尹称“三韩既陷，辽东各卫指挥、千、百户等官
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