政赠太僕寺卿谭公墓志铭》载“海外俘级日侈，交关逆奄魏忠贤，张大其事，规觎封爵。公坚持之，弗与勘覆。岛帅益骄，构内旨，得举刺文吏，造蜚语，中管饷同知翟栋，缇骑突至，械翟于公座，公叹曰‘以我故，累廉吏，而不能救，何以生为？’愤懑不食，呕血数升，顿致赢疾。亡何，遂不起。”
    翟栋被逮事，《明熹宗实录》卷48载，天启四年十一月，“是月登州府同知翟栋扭解来京究问，以毛文龙参之也。此为逮问之始”。
    又《明熹宗实录》卷64天启五年十一月庚辰载，登莱管饷同知毛应时因不愿支给额外商价得罪毛文龙，毛文龙“疑管饷都司毛应时勒贿阻商，具疏参之”。
    其次是与登莱的文武将官闹矛盾，逐渐不受登莱抚臣节制。
    毛文龙既任东江军镇总兵官，先是与登莱总兵沈有容相失。
    毛文龙与沈有容闹矛盾主要是因为两件事
    其一是刘兴祚约降事。
    当时刘兴祚通信谋反正，谕令登莱总兵沈有容与东江总兵毛文龙率兵接应，谋取南卫，不意水兵上陆被后金擒人焚船，“复州之人欲叛”的消息传闻于努尔哈齐（《满文老档·太祖朝》），致后金屠迁复州军民，沈有容与毛文龙相互指责。
  
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