开阔了视野，丰富了学识。

    一开始时，他也决心以襄扶明朝中兴为己任。

    在1644年，李自成的反政府武装力量攻入北京，崇祯皇帝自缢，方以智在崇祯灵前痛哭，被反政府军俘获，那些人对他严刑拷打，以至两髁骨见，但他始终不肯投降。

    不久，李自成兵败山海关，方以智侥幸乘乱南逃，大难不死。

    当方以智在北京誓死不降反政府军之事传入江南时，友人皆把他比拟为文天祥。

    后来，他转奔向南京投奔大明弘光政权，仇敌阮大铖把持大明弘光朝政，不断受到排挤、迫害，于是不得不改名吴石公，流寓岭南、两广一带以卖药为生。

    不久，大明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不应，取名“三萍”，浪迹于珠江山水间。

    隆武二年，桂王朱由榔称帝于肇庆，由于种种原因，方以智参与了拥立永历政权的活动，任左中允，少詹事，翰林院侍讲学士，拜礼部侍郎、东阁大学士。

    但方以智很快便发觉桂王政权朝不保夕，名不符实，内则门户纷争，奸人当道，外则与广州绍武政权同室操戈，兵戎相见。

    桂王更是胆小如鼠，稍稍闻风鹤即奔走靡常，这一切使方以智心灰意
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